अलकायदा की स्थापना वर्तमान समय के सबसे कुख्यात आतन्कवादी ओसामा बिन लादेन ने की। ओसामा बिन लादेन सऊदी अरब की एक निजी बिल्डर कम्पनी के मालिक का बेटा था। जिसके कारण उसने बेहिसाब दौलत का इस्तेमाल किया। अल कायदा की स्थापना कथित इस्लामी धार्मिक संस्था के रूप में हुयी थी, जिसे अमेरिका पर हुये ११ सितम्बर के हमले के बाद आतंकवादी संस्था घोषित कर दिया गया। अमरीकी राष्ट्रपति बराक ओबामा के अनुसार इसके संस्थापक ओसामा बिन लादेन को २ मई २०११ को अमरीकी सेना ने पाकिस्तान में मार डाला। इसके बाद से इस संगठन के नेतृत्वकर्ता के तौर पर डॉक्टर अयमन अल जवाहिरी का नाम सामने आया।

जॉर्जटाउन यूनिवर्सिटी में प्रोफेसर और आतंकवाद के जानकार ब्रूस हॉफमेन का कहना है कि ओसामा बिन लादेन अपनी मौत के लिए वर्ष १९८८  से तैयार था और उसने अपने उत्तराधिकारी की योजना बना रखी थी। हॉफमेन का कहना है, ‘जवाहिरी, ओसामा का स्वाभाविक उत्तराधिकारी है। सवाल केवल इतना है कि वह ओसामा की जगह काबिज होकर आतंकवाद की मुहिम को कितने प्रभावी तरीके से आगे बढ़ा पाता है।’

अयमान अल जवाहिरी मूलत: मिस्र का डॉक्टर है जिसकी उम्र अब ५९ साल के आसपास होगी. हालांकि जवाहिरी खुद बीते एक दशक से अमेरिका से छिपता रहा है। फिर भी अलकायदा में ओसामा के बाद जवाहिरी ही सबसे ज्यादा जाना-पहचाना चेहरा और आवाज है। लादेन का करीबी जवाहिरी वीडियो संदेश जारी करके अमेरिका और उसके सहयोगी देशों को अक्सर धमकी देता रहा है।

अल कायदा का एक और नेता अमेरिका पर आतंकवादी हमले का मास्टरमाइंड खालिद शेख साल २००६  से ग्वान्तानामो बे में कैद है।